Le clausole del contratto di affitto d’azienda determinano le diverse conseguenze tributarie dell’operazione, a partire dalle imposte indirette applicabili ai canoni, il cui regime IRES/IRPEF e IRAP dipende anche dalla qualificazione fiscale del concedente. Sono, invece, dubbi i criteri di deducibilità fiscale delle spese di manutenzione e riparazione ordinaria sostenute dall’affittuario. La scelta delle parti di assoggettare o meno l’affitto alla disciplina facoltativa dell’art. 2561, comma 2, c.c. orienta, invece, il trattamento tributario dell’accantonamento dell’affittuario al fondo di reintegrazione dell’azienda – o degli ammortamenti dei beni affittati operati dalla concedente – e dell’eventuale conguaglio finale. Il contenuto letterale del contratto è, infine, determinante per trasferire all’affittuario l’eventuale plafond IVA dell’esportatore abituale maturato dal concedente.